阿爾金山國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)有國(guó)家一級(jí)保護(hù)動(dòng)物17種，活躍著藏野驢、野牦牛、藏羚羊、藏原羚、鼠兔、黑頸鶴等珍稀動(dòng)物，生物多樣性日益豐富。據(jù)2022年科考統(tǒng)計(jì)，這里有野牦牛近1.2萬頭，藏羚羊約6.5萬只，藏野驢約5萬頭。